Міжрегіональне і транскордонне співробітництво України з Республікою Молдова здійснюється у рамках двосторонніх угод між регіонами України та Молдови, а також у рамках єврорегіонів «Нижній Дунай», «Верхній Прут» і «Дністер».
На сьогодні між територіально-адміністративними одиницями України (Чернівецькою, Вінницькою, Херсонською, Одеською, Черкаською областями, м.Київ) укладено 22 угоди та протоколи про науково-технічне, гуманітарне та торговельно-економічне співробітництво з регіонами Республіки Молдова.
Укладено також 23 угоди між регіональними відділеннями ТПП Молдови та регіональними відділеннями ТПП України. У 2010 році Угода про співробітництво підписана між Київською Асоціацією роботодавців та Спілкою промисловців, аграріїв та підприємців Придністров’я (СПАП). Також СПАП активно співпрацює з УСПП України та Київською областю на підставі Угод про співробітництво.
Єврорегіон «Нижній Дунай» створений 14 серпня 1998 року. До складу Єврорегіону входять Одеська область (Україна), повіти Галац, Тульчя, Бреїла, (Румунія), райони Кагул та Кантемір (Республіка Молдова).
Створення Єврорегіону «Нижній Дунай» мало на меті вирішення наступних завдань: досягнення гармонійного і збалансованого розвитку економіки; вирішення проблем у сфері охорони навколишнього середовища; забезпечення відповідного рівня зайнятості і соціального захисту населення; розвиток транспортної інфраструктури; формування єдиного культурного простору в Придунав’ї; попередження і ліквідації наслідків стихійних лих і техногенних катастроф.
Єврорегіон «Верхній Прут» створений 22 вересня 2000 року. До складу Єврорегіону входять Чернівецька область України, Белцький і Єдинецький райони Республіки Молдова, Ботошанський і Сучавський повіти Румунії.
До основних напрацювань регіону у сфері транскордонного співробітництва слід віднести першу в Україні концепцію цільової Програми транскордонного співробітництва, розроблену Чернівецькою облдержадміністрацією.
Єврорегіон «Дністер» створений 2 лютого 2012 року. До складу Єврорегіону увійшли Вінницька область України, Сорокський, Шолденештський, Дондюшанський, Флорештський, Резинський та Окницький райони Республіки Молдова. Основною метою діяльності утворення є реалізація транскордонних проектів екологічного, інвестиційного, транспортно-комунікаційного та гуманітарного характеру. З основними заходами Єврорегіону можна ознайомитись на веб-сайті http://dniester.eu/.